IMBDX 메인으로

기본 H1

기본 H2

기본 H3

핵심기술

보이지 않는 암을 빠르고 정확하게 발견할 수 있습니다.

논문

게시물 목록
번호 년도 제목 저널명 링크
7 2021

Circulating tumor DNA sequencing in colorectal cancer patients treated with first-line chemotherapy with anti-EGFR

Abstract Circulating tumor DNA (ctDNA) may reveal dynamic tumor status during therapy.  We conducted serial ctDNA analysis to investigate potential association with clinical outcome in metastatic colorectal cancer (mCRC) patients receiving chemotherapy.  Tissue KRAS/NRAS wild-type mCRC patients were enrolled and treated with first-line cetuximab-containing chemotherapy.  ctDNA isolated fr|om plasma were analyzed by next generation sequencing (NGS) with 16 targeted gene panel.  Among 93 patients, 84 (90.3%) had at least 1 somatic mutation in baseline ctDNA samples (average 2.74). Five patients with KRAS or NRAS hotspot mutation in the ctDNA showed significantly worse progression-free survival (PFS) (p = 0.029).  Changes in average variant allele frequency (VAF) in ctDNA showed significant correlation with tumor size change at the time of first response evaluation (p = 0.020) and progressive disease (PD) (p = 0.042).  Patients whose average VAF decreased below cutoff (< 1%) at the first evaluation showed significantly better PFS (p < 0.001), and the average VAF change further discriminated the PFS in the patients in partial response (p = 0.018).  At the time of PD, 54 new mutations including KRAS and MAP2K1 emerged in ctDNA.  ctDNA sequencing can provide mutation profile that could better reflect tumor mutation status and predict treatment outcome.

Scientific Reports

링크보기

6 2021 World J Clin Cases

링크보기

5 2021 PLOS ONE

링크보기

4 2020 Diagnostics

링크보기

3 2020

Liquid biopsy-based tumor profiling for metastatic colorectal cancer patients with ultra-deep targeted sequencing

Abstract Analyzing cell-free DNA (cfDNA) as a source of circulating tumor DNA is useful for diagnosing or monitoring patients with cancer.  However, the concordance between cfDNA within liquid biopsy and genomic DNA (gDNA) within tumor tissue biopsy is still under debate.  To evaluate the concordance in a clinical setting, we enrolled 54 patients with metastatic colorectal cancer and analyzed their plasma cfDNA, gDNA fr|om peripheral blood mononuclear cells (PBMC),  and gDNA fr|om available matched tumor tissues using ultra-deep sequencing targeting 10 genes (38-kb size) recurrently mutated in colorectal cancer.  We first established a highly reliable cut-off value using reference material.  We next compared somatic mutations of the 10 genes between cfDNA and genomic DNA fr|om tumor tissues and observed an overall 93% concordance rate between the two types of samples.  Additionally, the concordance rate of patients with the time interval between liquid biopsy and tumor tissue biopsy within 6 months and no prior exposure to chemotherapy was much higher than those without.  The patients with KRAS mutant fragments in plasma had poor prognosis than those without the mutant fragments (33 months vs. 63 months; p<0.05).  Consequently, the profiling with our method could achieve highly concordant results and may facilitate the surveillance of the tumor status with liquid biopsy in CRC patients.

PLOS ONE

링크보기